Если по окончании выгрузки будет выявлена недостача грузов, капитан обязан провести ведомственное расследование с целью установить причины и конкретных виновников недостачи. В дело ведомственного расследования включаются следующие документы: письменное изложение факта недостачи и обстоятельств, при которых она обнаружена; погрузочные ордера; расписки на прием груза; расписки на сдачу груза; объяснения трюмных матросов; объяснения счетчиков мест; объяснения второго помощника капитана; объяснения прочих лиц (по мере необходимости); выписки из приказов по судну; прочие документы, относящиеся к данному делу. Законченное дело ведомственного расследования передает капитан с его заключением в коммерческий отдел пароходства. Как было показано ранее, причины не сохранности грузов при перевозке, включая потери из-за естественной убыли массы, весьма многообразны.Результатом несохранной перевозки является так называемый коммерческий брак работы транспорта. Коммерческий брак — это полная или частичная утрата вверенным транспорту грузом первоначальной стоимости в результате ухудшения его качества или уменьшения количества. Нарушение сохранности груза, происходящее в течение рейса из-за рассмотренных, за исключением тех, которые могут возникнуть на переходе вследствие упущений судовой администрации, предотвратимо еще до выхода судна в море. Это достигается такими мерами, как тщательный осмотр груза перед погрузкой; строгое соблюдение технологии грузовых работ, правильные размещение, укладка и закрепление грузов; разумное применение сепарационных материалов; приведение судна в мореходное состояние. Однако все эти меры не устраняют опасности порчи грузов во время морского перехода в результате их увлажнения, которое может вызвать: усиление жизнедеятельности микроорганизмов, опасных для таких грузов, как фрукты, овощи, зерно, волокнистые; появление подтеков на поверхности грузовых мест, что даже при сохранении качества груза может послужить поводом для предъявления иска к перевозчику; появление коррозии на металлических изделиях; восприятие грузом гигроскопической влаги.