Вентиляция, помимо предотвращения порчи груза от увлажнения, предназначена еще и для удаления из трюмов ядовитых, огнеопасных и взрывоопасных газов. Поэтому очень важно, чтобы на судне обеспечивалась сплошная вентиляция всей массы груза. С этой целью на современных судах от комингсов вентиляторов до нижней палубы протянуты воздуховоды, по всей высоте которых имеются решетчатые отверстия. При необходимости обеспечить лишь поверхностную вентиляцию (при перевозке, например, угля) открытыми остаются только верхние отверстия; остальные либо задраиваются специальными заглушками, либо исключаются из системы вентиляции перекрытием каналов специальными шиберами. Если нет воздуховодов, а груз требует сплошной вентиляции, необходимо устроить временные воздуховоды из досок. На судне, оборудованном системой естественной вентиляции, необходимо постоянное наблюдение за тем, как по отношению к ветру развернуты раструбы. Если температуры наружного и трюмного воздуха близки или последняя ниже, половина вентиляторов используется в качестве нагнетательных (развернуты раструбами по ветру). Если температура наружного воздуха ниже, следует ограничиться вытяжкой (все раструбы по ветру). При особо благоприятных условиях погоды следует все вентиляторы развернуть раструбами к ветру и раскрыть люки. При дожде, тумане, измороси и шторме во избежание проникновения влаги в трюм вентиляцию следует прекращать, а вентиляторы наглухо задраивать.